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Rapport à l'English Cocker
Spaniel Club of America
17 mai 2004
Introduction
Ce projet est en cours depuis
1993. Un rapport complet des progrès réalisés jusqu'alors avait
été présenté à l'English Cocker Spaniel Club of America au Texas
le 25 mai 1999. Ce rapport répertoriait les accomplissements du
projet jusqu'à ce moment et concluaient par les tâches
spécifiques suivantes qui restaient à être terminées :
1. La recherche continue de la
mutation génétique COL4A3 ou COL4A4 qui cause la néphropathie
familiale (FN ou NF) chez les Cockers Spaniel anglais doit être
terminée avec succès.
2. Un test génétique pour
identifier les porteurs doit être développé et rendu disponible
pour l'utilisation générale, avec des résultats fournis en
conjonction avec des consultations génétiques appropriés.
3. Au moins jusqu'à ce qu'un
test génétique pour identifier les porteurs soit disponible,
l'accès aux services spécialisés qui sont requis pour déterminer
un diagnostic définitif de FN sur des chiens atteints doit être
maintenu.
Ce rapport résume nos activités
continues pour atteindre ces buts durant l'année dernière (de
mai 2003 à mai 2004).
Résumé des activités
Diagnostic des chiens affectés
En 2003, nous avons identifié un
total de 4 Cockers Spaniel anglais atteints par la NF, en
exécutant des évaluations appropriées de spécimens rénaux
obtenus de ces chiens. Cela amène le nombre total de chiens
diagnostiqués comme atteints par la NF durant les 12 années
d'existence de ce projet à 19, comme établi ci-dessous. De
plus, nos études ont exclus la NF comme cause de maladie rénale
chez un certain nombre de Cockers spaniel anglais atteints de
maladie rénale juvénile où la NF était suspectée.
|
Année |
Nombre diagnostiqué |
Année |
Nombre diagnostiqué |
Année |
Nombre diagnostiqué |
|
1992 |
1 |
1997 |
2 |
2002 |
1 |
|
1993 |
2 |
1998 |
2 |
2003 |
4 |
|
1994 |
2 |
1999 |
1 |
2004 |
Aucun jusqu'à présent |
|
1995 |
4 |
2000 |
0 |
|
|
| 1996 |
0 |
2001 |
0 |
Total |
19 |
Etudes génétiques moléculaires
Séquençage de COL4A3 et COL4A4
Durant l'année 2003, les analyses
génétiques moléculaires qui étaient en cours dans le laboratoire
du Dr Templeton ont été terminées. Mr Zanaido T Camacho a
terminé son rapport, et a reçu le grade de PhD en décembre
2003. Les résultats du travail de Mr Camacho peuvent être
résumés comme suit :
1. Les séquences de nucléotides
pour plus de 92 % des régions de codage des gènes normaux canins
COL4A3 (92 %) et COL4A4 (98 %) ont été déterminés.
2. Les séquences de nucléotides
pour les mêmes portions de ces régions de codage de ces 2 gènes
exprimés sur reins de cockers anglais atteints par la NF ont été
déterminées et comparées avec des régions de codage normales.
Ces comparaisons ont identifié 25 polymorphismes du nucléotide
(SNIP); 10 dans le COL4A3 et 15 dans le COL4A4. La plupart de
ces aberrations du nucléotide n'ont causé aucun changement dans
la séquence d'acides aminés prévue du produit du gène attendu,
et aucune des aberrations identifiées n'a produit de changement
(exemple : généré un arrêt du codon prématuré ou changé un
résidu de glycine conservée) qui aurait pu être suspecté en
toute confiance comme cause de la maladie. Toutefois,
quelques-unes de ces aberrations du nucléotide ont causé des
changements dans la séquence d'acides aminés prévue avec des
significations incertaines. La détermination de l'importance de
ces aberrations demande encore des études additionnelles.
En se basant sur ces découvertes,
1. Nous avons exclus la
possibilité que la NF soit causée par une suppression, insertion
ou un réarrangement des régions de codage des COL4A3 et COL4A4
qui ont été examinés.
2. Nous avons identifié plusieurs
aberrations du nucléotide qui demanderont de plus amples
analyses avant d'être complètement exclues comme causes
possibles de la NF.
3. Nous avons conclu que des
plus amples investigations sur la cause génétique moléculaire de
NF chez le Cocker anglais devront consister en priorité en étude
des séquences ADN génomiques parce que :
a. Les données de séquences ADN
génomiques canines nécessitées pour cette approche deviendront
disponibles (d'après les recherches actuelles du fonds NIH pour
séquencer le génome canin) durant l'année 2004.
b. Cette approche permettra la
détection des aberrations du nucléotides qui seraient
potentiellement la cause de la NF (par exemple, les jonctions
des exons et des introns) des COL4A3 et COL4A4, plutôt que
simplement seulement des aberrations des régions de codage (par
exemple seulement dans leurs exons)/
c. Cette approche nous permettra
de conduire des analyses haplotypes de ces aberrations du
nucléotide qui sont identifiées pour déterminer si elles sont
isolées du statu de la maladie comme on l'aurait attendu de la
mutation qui en serait la cause (ex : est-ce que les chiens
atteints sont homozygotes et hétérozygotes chez leur parents) ou
n'ont pas de signification fonctionnelle apparente (exemple :
sont simplement du polymorphisme associé à la race).
Recherche d'un marqueur peut-être
lié à la NF chez les Cockers anglais
Confrontés à la difficulté
continue de trouver le mutation responsable de la NF et armés
d'une carte de plus en plus complète du génome canin, nous avons
passé au crible le chromosome 25, où se trouvent les gènes
COL4A3
et COL4A4, pour
trouver une relation avec la NF. Globalement, nous avons
examiné 11 marqueurs localisés sur le chromosome 25, mais nous
n'avons trouvé aucune relation entre ces marqueurs et la NF.
Sur base de ces résultats, nous avons conclu qu'il n'y a
actuellement aucun marqueur sur le chromosome 25 qui est
instructif pour les Cockers anglais, et lié à la mutation qui
cause la NF dans cette race.
Etudes des
familles des cockers anglais affectés par la NF
Au cours de l'année
2003, nous avons collecté des pedigrees supplémentaires et des
échantillons pour mener des analyses génétiques de 69 Cockers
anglais appartenant à la famille des chiens sur lesquels la NF
avait été diagnostiquée. Certains de ces échantillons ont été
utilisés dans les études menées pour trouver un marqueur relatif
(voir explications ci-dessus), et tous seront utiles pour les
prochaines études que nous avons projeté de mener (voir
explications ci-dessous).
Projets actuels
Nous projetons de continuer à
étudier les cas de Cockers anglais atteints de maladie rénale
juvénile si ils sont portés à notre connaissance afin de fournir
un diagnostic définitif de NF ou non. Nous continuerons aussi à
collecter des pedigrees et des échantillons en vue d'analyses
génétiques de chiens en relation avec des cas individuels de NF.
Au cours de l'été 2004; nous
espérons que le séquençage des données pour l'entièreté du
génome canin sera disponible. En utilisant ces nouvelles
informations et la séquence déterminé auparavant pour les
régions de code
COL4A3
et COL4A4 chez le chien, nous
continuerons avec deux nouvelles initiatives :
1. Exécuter des
analyses haplotypes sur les aberrations du nucléotide seul déjà
identifiées sur les gènes COL4A3 et COL4A4 de
chiens affectés par la NF, afin de déterminer si ils se
correspondent au niveau du statut NF (par exemple, pour prouver
ou réfuter définitivement le rôle possible dans la mutation qui
cause le NF dans cette race).
2. Continuer, selon
les besoins, avec des analyses systématiques des séquences ADN
génomiques des COL4A3 et COL4A4 chez les Cockers
anglais atteints de NF. De telles analyses ont la capacité de
détecter la mutation responsable d'affecter un endroit (exemple
; jonction intron-exon) ou une région de normalisation (exemple
: instigation) aussi bien qu'une région de codage (exemple :
exon). Cette stratégie représente fondamentalement une approche
plus complète dans le séquençage des gènes candidats que celle
utilisée précédemment, mais son utilisation n'était pas possible
auparavant (par exemple, avant que le l'entièreté du génome
canin ne soit séquencé et rendu disponible par une base de
données publique).
Statut financier du
projet
En mai 2003, le montant dans le
Arthur B. Ferguson Memorial Fund for English Cocker Spaniel
Kidney Disease Research fund maintained chez la Texas A&M
Foundation était de $14,305 (11974 €). Dépuis lors, des
contributions additionnelles ont augmenté ce montant de $4,047
(3388 €), et les dépenses nettes du fonds (pour les activités de
recherches décrites ci-dessus) ont couté $5,995 (5018 €). Le
fonds contient actuellement $12,357 (10344 €).
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